Целта на лекувањето на ендометриозата е да се изгуби болката, да се минимализира оштетувањето на органите и да се сочува плодноста на жената. Лечењето е многу индивидуално и зависи од возраста на жената, тежината на нејзините симптоми и од нејзините планови за идно забременување. Болката е најчеста причина поради која жените бараат лекување на ендометриозата.
Жена со слаби или без никакви симптоми, која не планира да забремени во иднина, може да избере воопшто да не се лекува. Жената со ендометриоза, која има желба да забремени, треба да се охрабрува тоа да го направи што побрзо, бидејќи негативните ефекти на ендометриозата врз плодноста се зголемуваат со стареењето. Како дополнение на ова, порано се сметаше дека забременувањето може да направи ендометриозата да исчезне, а со тоа и тегобите од истата. Но, поновите испитувања покажаа дека жени со ендометриоза, по породувањето пак ги појавуваат симптомите на болеста. Постојат следните медицински можности за третман на карличната болка при ендометриозата:
• Аналгетици. Дицлофенак, Кетопрофен, Ибупрофен и други нестероидни антивоспалителни лекови можат да обезбедат олеснување на слабата до умерена болка при ендометриозата. Сепак, со овие лекови не може да се променат или отстранат ендометријалните имплантати. Понекогаш лекарот може да препише посилни наркотични аналгетици каков што е Трамадол, но и овие имаат само функција да ги олеснат болките, а не и да ја излечат болеста.
• Пилули за контрацепција. Ендометријалните имплантати реагираат на хормони, особено естроген и прогестин, кои се составна компонента на пилулите за контрацепција. Поради тоа овие лекови можат да ги смалат симптомите на ендометриозата. Симптомите можат да се вратат повторно кога жената ќе престане да ги зема пилулите.

Uterine Fibroid
• Друга хормонална терапија. Хормонската терапија може да предизвика ефекти слични на менопауза или бременост. Целта е да се спречи менструацијата што може да потрае неколку месеци. Хормонската терапија може да ги минимизира симптомите и да го запре растот на ендометријалните имплантати, но не може да ги отстрани сраснувањата и лузните кои веќе биле формирани. Хормоните ретко имаат ефекти кај жени со напредната ендометриоза. Хормоналниот третман опфаќа:

о Прогестерон. Синтетичка форма на прогестин која може да се зема во вид на пилули или како инјекции. Тој може да ги контролира симптомите со намалување или стопирање на менструацијата и стопирање на овулацијата. Нескани ефекти се покачување на телесната тежина и промени во расположението. Прогестеронот се зема дневно како пилула или во периодични инјекции. Тој не се препорачува за жена која сака да остане бремена. Враќањето на овулацијата може да биде одложено за одредено време по престанокот на земање на прогестерон. Така, понекогаш е потребно да помине една година од прекинот на прогестеронските инјекции за повторно да се јави овулација.
о Гонадотропен рилизинг хормон (ГнРХ) агонисти. Тоа се синтетички лекови слични на природниот ГнРХ, кој создава хемиска менопауза. Се даваат во вид на назален спреј (преку вбризгување во носот) или инјекција. ГнРХ агонисти обично се земаат најмногу во тек на 6 месеци, бидејќи тие го зголемуваат ризикот од разредување на коските – остеопороза. Несакните ефекти се слични на симптомите на менопауза, па вклучуваат топли бранови, сувост на вагината, несоница и остеопороза. Повеќето од жените со тешки форми на ендометриоза кои се третираат со ГнРХ агонисти ќе почувствуваат повторливи болки по прекинот на хормоните.
о Синтетички андрогени. Лекови (како што е даназол) кои се слични на машките хормони влијаат на продукцијата на женските хормони и ја стопираат менструацијата. Овие хормони се земаат во вид на пилули во тек на 6 до 9 месеци. Некои од несаканите ефекти се акни, наголемување на телесната тежина и зголемена влакнатост на телото. Некои од овие несакани ефекти може да не се повлечат по прекинување на лекот.
Сите овие хормонални третмани можат да влијаат на ембрионот, па жената мора да превземе соодветни мерки да внимава да не забремени за време на третманите. Бидејќи пилули за контрацепција не можат да се земат истовремено со некои од овие хормони, жената треба да користи друг метод на контрацепција, на пример користење на кондом. Кога ќе се заврши со третманот и кога менструацијата повторно ќе се воспостави, жената може да забремени. Хируршкиот третман на ендометриозата се применува кога постојат силно изразени сраснатини и лузни или кога терапијата со лекови не ги олеснила болките. Постојат неколку хируршки интервенции со кои може да се третира ендометриозата:
• Класична хируршка интервенција. Опфаќа отстранување на ендометријалните имплантати со зачувување на внатрешните репродуктивни органи на жената. Оваа метода е најпрепорачлива хируршка медода за третман на ендометриозата. Пациентката се успива во општа анестезија и лекарот хирург изведува лапароскопија или лапаротомија за да ги отстрани имплантантите со топлина, ласерски зраци или со едноставно отсекување на истите (ексцизија). Отсекувањето е најпрепорачливо во случај на ендометриозата бидејќи дозволува отсечените имплантати да се прегледат како при биопсија под микроскоп. Хирургот може исто така да ја корегира позицијата на било кој од внатрешните органи (на пр. овариумите) доколку истите се изместиле поради настанатите сраснувања.
Сраснатините помеѓу органите можат да се потсечат и блокираните јајцеводи можат да се ослободат и поправат. При овие интервенции можно е да биде неопходно да се изврши отстранување на еден јајник, но не и на други органи, така што жената се уште ќе може да раѓа деца. Многу жени стануваат способни да забременат по изведената класична хируршка интервенција, што сепак зависи од тежината на ендометриозата пред операцијата. Доколку постои оштетување на внатрешноста на јајцеводот, неопходно е да се искористи техниката на вештачко оплодување ин витро фертилизација ако жената сака да забремени. Тегобите може повторно да се јават по извршената операција, така што некои жени имаат повторено лапараскопија или лапаротомија.
• Лапаросцопска Утеросакрален Нерв Аблација (ЛУНА). Оваа интервенција опфаќа отсекување на нервот помеѓу матката и лигаментите кои ја фиксираат истата. Ваквата процедура може да им помогне на некои жени со специфичен тип на болка, но студиите покажуваат дека многу од жените немаат особена корист од истата. Од друга страна, секое отсекување и оштетување на нервите е трајно без можност за повторна обнова.
• Хистеректомија. Со оваа интервенција се врши отстранување на матката. Во овој случај, кога се работи за ендометриоза, обично истовремено се отстрануваат и јајниците, јајцеводите (билатерална салпинго-оофоректомија) како и сите присутни видливи имплантати и сраснатини. Со хистеректомија се губат симптомите на ендометриозата, но истовремено се губи и можноста за забременување. Затоа, оваа процедура се користи во краен случај кога другите мерки нема да дадат ефект. По отстранувањето на јајниците, кај жената настапува менопауза, бидејќи нејзиното тело повеќе не создава женски хормон естроген. Така, со хистеректомија се повлекуваат симптомите на ендометриозата, но се појавуваат други манифестации како резултат на хируршката менопауза, како што се топли бранови по телото, покачување на телесната тежина и сувост на вагината. Хируршката менопауза може да предизвика многу потешки симптоми од оние кај природната менопауза. Затоа по секоја хистеректомија жената мора да зема хормонска заместителна терапија.
Со сите овие облици на лечење, ендометриозата како и болката можат повторно да се појават, иако тоа не е толку вообичаено по хистеректомија. Некои жени стануваат способни да забременат по природен пат после извршената класична хируршка интервенција на ендометриоза. Други пак, стануваат способни да забременат само со помош на асистирана репродуктивна технологија (АРТ). Можностите за оплодување најдобро можат да се дискутираат поединечно за секој случај, помеѓу лекарот гинеколог и пациентката и нејзиниот партнер.
Засега не постои лек за ендометриозата. Најдобро е жената да се консултира со својот лекар при изборот на начинот на лечење како и за можноста за забременување. При тоа, треба да се земе во предвид и цената на чинење на третманот. На пр. некои хормонски терапии, како земање на ГнРХ агонисти е екстремно скапо, исто онолку колку самата хируршка интервенција.
Но, истовремено и нема начин со кој може да се спречи ендометриозата. Болеста обично напредува, освен ако не се прекине со забременување или со некој облик на терапија. Таа може повторно да се појави по било кој од третманите, иако кај некои облици на терапија ова се случува поретко, а кај други почесто. Во менопауза симптомите се повлекуваат кај многу жени. Ефектот на хормонско заместителна терапија кај жените со ендометриоза кои ќе достигнат природна менопауза не е познат.